店長にキッチン経験がない場合でも、登録シェフ1名体制として問題ありませんか？

はい、問題ございません。ここでの管理とは調理指導ではなく、食中毒疑いや怪我などの緊急時の意思決定を指します。シェフからの報告に対して適切に判断・対応できる体制であれば問題ありません。